1936년에서 1945년까지 포로들을 대상으로 생체실험을 가한 일본 육군 부대이다. 원래는 정치적 목적으로 설립되었으나 1936년 만주 침공 이후 세균전 비밀연구소로 둔갑한다. 일본이 적은 비용으로도 엄청난 인구를 살상할 수 있는 세균전의

효용성을 깨닫고 세균학박사 이시이로와 함께 잔혹한 전략을 세우기 시작한 것이다. 당시 부대 안에서는 바이러스, 곤충, 동상, 페스트, 콜레라 등의 각종 세균실험과 약물실험이 행해졌고 연구반마다 실험대상이었던 사람들을 ‘마루타(일본어로‘통나무’라는 뜻)’라고 부르며 실험용으로 사용했다. 1940년 이후 매해 6백여명의 마루타들이 실험에 동원되어 죽어갔고 중국인, 한국인, 러시아인, 몽골인 등 최소 3000여명이 희생됐을 것으로 추정한다. 1945년 제 2차 세계대전이 종료된 후에는 증거 인멸을 위해 살아남은 마루타와 포로 400여명을 그대로 처형한 것으로 알려졌다. 

당시 731부대는 그동안의 세균전 실험내용과 결과를 미군에 넘기는 조건으로 면죄되었다고 한다. 80년대 초 일본의 한 대학에서 731부대의 장교가 쓴 것으로 보이는 문서가 발견되면서 하마터면 역사의 영원한 비밀로 묻힐 뻔한 일본의 만행이 세상에 드러났다. 지금 중국은 이 사실을 세상에 알리기 위해 731부대유적을 유네스코 세계유산 등록작업을 추진하고 있다.